בית הספר משתייך לחינוך היהודי ממלכתי, והוא מחולק אדמיניסטרטיבית לחטיבת נעורים ותיכון. הנהלת בית הספר מורכבת ממנהלת כוללת לבית החינוך, עליזה מגן; מנהלת החטיבה העליונה, דנה פלג, וסגנה, אלון מילכיקר; מנהלת חטיבת הנעורים, דנה הופמן, וסגנה, ליאור בוגנים.
בנין ו': בנין המדעים הראשי, משמש את המגמות המדעיות ומגמת המוזיקה, מעבדות וחדרי לבורנטים, כיתת האם המדעית של התיכון, אודיטוריום, ספריה אנושית וחדר מורים משני.
בקמפוס מוקמו מבנים המתאימים לשימוש כיתות בודדות, בהם מוקמו חלק מכיתות האם והמגמות השונות. בנוסף מוקמו כיתות פתוחות שמיים, פינת חי פדגוגית, נגרייה פדגוגית, גינה הידרופונית, חדר כושר חיצוני ומגרשי משחקים, מזנון ומרחבי ישיבה לשימוש התלמידים.
בית הספר זכה בפרס החינוך לבתי ספר מצטיינים לשנת תשפ"ג במחוז ההתיישבותי[2], והומלץ לפרס הארצי.[3]
בית הספר זכה בפרס תגמול דיפרנציאלי לחטיבות העליונות של שנת הלימודים תשפ"ב2022, ברמה הגבוהה ביותר (רמה 1)[4], וככזה הוגדר כבית ספר תיכוני מצטיין[5] ומוביל בישראל בתחומים הערכיים, החברתיים והלימודיים; גם מסגל המורים נבחר אחד המחנכים לתחרות "המורה של המדינה"[6].
בית הספר זכה לתעודת הערכה מטעם הרמטכ"ל על 100 אחוזי גיוס נשים לצה"ל בשנת 2021, ושילובן בשירות משמעותי (אחוזי קצינות, לוחמות ומדריכות).
בית הספר זכה בפרס תגמול דיפרנציאלי לחטיבות העליונות כמעט ברציפות בשנים קודמות - דוגמת שנת הלימודים תש"פ 2022 (רמה 3)[7], ותשע"ו 2016 (רמה 4)[8].
בבית הספר מספר תוכניות לימודיות חדישות, דוגמת הומניסטיקה בחטיבת הנעורים, יהלום-3 בהוראת ההיסטוריה בתיכון, חממ״ה (חינוך מצמיח, מעצים, הוליסטי - מרכז למידה לטיפוח תלמידים בהיבט לימודי רגשי וחברתי).
בית חינוך ירקון מפעיל תוכנית ייחודית, נוער יוצר שיח ערכי (ניש"ע)[9], במסגרתה מטופחת מנהיגות תלמידים השותפים בתהליכים חינוכיים ערכיים ומעגלי שיח בנושאים חברתיים.
בית הספר מטפח קשרי קהילה עם היישובים מהם מגיעים תלמידיו ובוגריו, ובמיוחד עם תנועות הנוער הפועלות בהם (התנועה החדשה - קיני נגי"ע, אלישמע, נירית, סירקין, חגור, שדי חמד; האיחוד החקלאי - עינת, גבעת השלושה; תנועת הצופים - שבטי אפיק, צור וגלבוע; כנפיים של קרמבו). מעל לשליש[9] מבוגרי בית הספר ממשיכים לשנות שירות ומכינות טרם גיוסם לצה"ל. במסגרת קשרי הקהילה מופעלת מאז 2018 כיתת ותיקים ובה מעל 100 תלמידים (מגדולות כיתות הוותיקים בישראל), רבים מהם סבים וסבתות לתלמידי בית הספר[10].
.svg){kind=link}
