"המילון למונחי צה"ל", שהוציא לאור אגף ההדרכה ב-1988, מגדיר את הכוחות המיוחדים:
כוחות בעלי הכשרה קרבית מגוונת הדורשת התמחות מיוחדת, שכרגיל אינה אפשרית גם ביחידות נבחרות. כוחות אלה הם בעלי רמה גבוהה במיומנויות בסיסיות של הצבא. ייעודם הוא לבצע מבצעים מיוחדים, ולכן הם מאורגנים, מצוידים ומאומנים לצורך זה ביחידות קטנות ורב תכליתיות. הם כפופים כפיפות קבועה למטה הכללי. או לחלופין, למפקדה הצבאית העליונה או למפקדת זירת מלחמה, או למפקדה ראשית. כגון, מפקדת כוחות האוויר או מפקדת כוחות הים. בזמנים שאינם זמן מלחמה, הם מופעלים בדרך כלל ביוזמת הממשלה ושר הביטחון או באישורם. יחידות מיוחדות נבדלות מיחידות נבחרות אחרות בכוח אדם, משלב האיתור והגיוס וכלה בתהליכי הכשרה ארוכים ומורכבים, כמו-גם בשימוש באמצעי לחימה ומערכות המפותחים במיוחד. ובנוסף, במבנה ארגוני שונה מיחידות רגילות.
— אג"מ-תוה"ד, המילון למונחי צה"ל, תל אביב: צה"ל, 1998
מקובל כי ההגדרה ליחידות הללו היא "יחידות לוחמות" (שאינן "כוח מיוחד"), הניכרות ברמתן המבצעית הגבוהה ובאיכות ביצועים הבולטת הנובעת מהשקעה בהכשרתן ובאמצעים העומדים לרשותן.
למסלול הגיוס, ההכשרה והשירות של היחידות המובחרות השונות מאפיינים אשר חלקם משותפים וחופפים, אך קיימים גם מאפיינים בלעדיים בהתאם לאופי וייעוד היחידה, בהם:
היחידות המיוחדות הן התנדבותיות. המיועדים לשירות ביטחון (מלש"בים) המעוניינים לשרת ביחידות מובחרות, לרוב מאותרים על ידי צה"ל במהלך הליכי הגיוס על פי רצונם ועל פי התאמתם. במהלך "יום סיירות" ובמהלך הגיבושים ליחידות השונות מסוננים את המועמדים כדי לברור את אלה מהם שיחלו את מסלול ההכשרה.
כללי ביטחון המידע מגבילים את החשיפה של היחידות המובחרות בכלל ושל היחידות המיוחדות בפרט לקהל הרחב. פרקים שלמים אודות הכשרתן ופעילותן של היחידות עשויים להיות מסווגים כסודיים.
עוד בתקופה שקדמה לקום המדינה, לוחמי הפלמ"ח של ההגנה היוו את הבסיס לכוחות המיוחדים של צה"ל. הפלמ"ח הצמיח דור שלם של מפקדים ותרם ליחידות המובחרות השפעה רבה, יחסית לגודלן, על כלל הכוחות המזוינים. דוגמה להמחשה לכך היא, פלוגת הים של הפלמ"ח (פלי"ם) אשר שימשה בסיס להקמת שייטת 13.
עם הקמתה של המדינה, הסיירות החטיבתיות הסדירות הראשונות בצה"ל (סיירת גולני, סיירת צנחנים, סיירת שריון) לא הוקמו כיחידות מובחרות, ובמשך תקופה ארוכה לא זכו ליוקרה מבצעית. לעומתן, יחידה 101, שקמה ב־1953 לצורך ביצוע פעולות תגמול במדינות ערב שכנות ובשטחי הגדה המערבית תחת הכיבוש הירדני אחרי מספר פעולות כושלות של יחידות חי"ר סדירות, זכתה להערכה רבה ואף הכתיבה את אמות המידה לצה"ל כולו. ב־1955, בעקבות המיזוג של יחידה 101 לחטיבת הצנחנים, הוקמה סיירת צנחנים.
השינוי שהפך את הסיירות ליחידות מובחרות ולתופעה ייחודית לצה"ל, נוצר ממספר גורמים במקביל. ראשית, פרסום יוקרתי (לא רשמי) של סיירת מטכ"ל (נגד טרור) בתחילת שנות ה-70 של המאה ה-20 (שאף היא הוקמה לצד הסיירות הפיקודיות) יצר הילה ויוקרה חברתית להשתייכות ליחידה מובחרת. שנית, חטיבת גולני טיפחה את סיירת גולני כיחידת עילית חטיבתית, והיוזמה המקומית הפכה למודל לחיקוי. שלישית, חקירת קרב תל פאחר ב־1967 העלתה כי סיירת גולני תפקדה בצורה יוצאת דופן בהשוואה לשאר הגדודים. מיוקרתן של סיירת מטכ"ל והסיירות החטיבתיות, השתרשה בקרב הציבור הרחב המילה "סיירת" כשם נרדף ליחידה מובחרת.
במאה ה־21, בעיקר עקב האינתיפאדה השנייה, יחידות מיוחדות ומובחרות רבות שמו דגש על לוחמה בטרור לצד מטרותיהן המקוריות. כך למשל, יחידת דובדבן ביצעה פעילות מסוערבת רבה כנגד המחבלים, ושייטת 13 לחמה בלב הערים הפלסטיניות לצד פשיטות ימיות על אוניות הברחת נשק ערביות ואיראניות[1]. בשל הצורך הנרחב בסיוע הנדסי כנגד מטעני חבלה ומנהרות תת־קרקעיות גדלה יחידת יהל"ם באופן ניכר ונוספו לה פלגות נוספות המתמחות בפריצה, רובוטיקה ועוד, וכן פלגת סמו"ר שייעודה לפעול כנגד סליקים ומנהרות[2]. היחידות המובחרות של צה"ל משתפות פעולה באופן נרחב גם עם השב"כ והיחידות המיוחדות של משמר הגבול, בהן הימ"מ (היחידה המבצעית ללוחמה בטרור, לפי החלטה מספר 900 של הממשלה מיום 02.01.2022) והימ"ס (יחידות מסתערבים).
בטבח שבעה באוקטובר, לוחמי היחידות המיוחדות נמנו עם הראשונים שהגיעו על מנת לבלום את המחבלים שפרצו לישראל[3].
ייעודה המרכזי הוא: איסוף מודיעין, סיור מיוחד, לוט"ר, חילוץ ופעילויות צבאיות חשאיות מעבר לקווי האויב. היחידה מוגדרת גם כיחידת השתלטות, והיא מאומנת בכל סוגי הלחימה הקיימים.
יחידה טקטית לחילוץ מיוחד. ייעודה חילוץ טייסים משטח אויב, חילוץ כוחות לוחמים ופינוי נפגעים משדה הקרב, חילוץ ופינוי ימי צבאי ואזרחי, וחילוץ צבאי ואזרחי במתאר רחב של זירות ובתנאי שטח מורכבים וקשים.
מפעילה כלי טיס בלתי מאוישים מסוג סקיילרק 1 בעיקר על מנת לספק סיוע קרוב ברמה הטקטית. היחידה היא יחידה חבירה אשר צוותיה חוברים ליחידות מובחרות וגדודים, בדומה ליחידת עוקץ וליהל"ם. צוותי היחידה פעילים בכלל הגבולות ובאיסוף מודיעין חזותי על האויב.
יחידה מבצעית של יחידה 8200, המתמחה באיסוף מודיעין באמצעים סיגינטיים בגזרת לחימה. תפקידה לאסוף מודיעין עדכני ולהעבירו בזמן אמת לכוחות הלוחמים. הלוחמים פועלים בתנאי שטח מורכבים בפעילויות מבצעיות מיוחדות בכל הגזרות למיצוי ואיסוף מודיעין.
אחראי על שיבוש מערכות הקשר והתקשורת של האויב כאשר בכלל זה הוא עוסק בשיבוש שידורי רדיו וטלוויזיה, שירותים סלולריים ועוד. עיקר פעילות המערך היא התקפית, אך בין עיסוקיו מערך הלוחמה האלקטרונית פועל גם להגנה על מערכות התקשורת הצבאיות. היחידה פועלת באוויר, בים וביבשה וזמינה להיות מוקפצת לכל מקום בארץ.
מוכרת גם כבית הספר ללוט"ר. אמונה על הכשרת כלל יחידות צה"ל בתחומי הלוחמה בטרור, הצליפה ותחומים נוספים. לצד זאת, לוחמי היחידה מבצעים פעילויות מבצעיות מיוחדות ומגוונות, פעילים בעתות חירום ונמצאים בכוננות מתמדת לתפעול אירועי פח"ע.
בשגרה פועלת בתור בית הספר לניוד מבצעי ומכשירה את כלל הנהגים המבצעיים בצה"ל. בחירום מופעלת היחידה לצורכי ניוד בתנאי שטח קשים ובאזורים הדורשים יכולות נהיגה מיוחדות.
סיירת 525 - סיירת אשר הוקמה בסוף שנת 1962 עקב התגברות חדירות בגבול מצרים וכדי להוריד את הנטל מסיירת שקד. הסיירת פעלה כשנתיים עד לאיחודה עם סיירת שקד בסוף שנת 1964.