במרכז הרפואי רמב"ם היה סגן מנהל מחלקה ומנהל היחידה לטיפול כימותרפי במכון האונקולוגי בשנים 1980–1985. בהיותו במרכז הרפואי רמב"ם הקים את שרות הלימפומה לצפון. פיתח עם מתכנתת תוכנה לעיבוד אינטראקטיבי של נתונים באונקולוגיה "Medata", ששימשה להקמת בסיס הנתונים של מחלקות ויחידות לאונקולוגיה בבתי החולים שונים, ולהקמת בסיסי נתונים לצורך מחקרים קליניים. שימש יועץ למספר בתי חולים בצפון הארץ: רוטשילד בחיפה, זיו בצפת, העמק בעפולה, פוריה ואחר-כך למרכז רפואי ברזילי באשקלון.
במישור האקדמי עבר את המסלול ממרצה, מרצה בכיר ופרופסור חבר במסלול הקליני (מ–1981) בבית הספר לרפואה של הטכניון בחיפה. משנת 1985 פרופסור חבר באוניברסיטת בן-גוריון בנגב. בשנת 2002 התמנה לפרופסור מן המניין וב-2004 פרש כפרופסור אמריטוס. הופקד על הקתדרה ע"ש ג'ולס האריס לאונקולוגיה בשנים 1986–2004. במסגרת פעילותו האקדמית הנחה שבעים סטודנטים לרפואה בעבודת הגמר שלהם ברפואה, ודוקטורט.
בשנת 1985 עבר למרכז הרפואי האוניברסיטאי סורוקה בבאר שבע על מנת להקים ולנהל את שרות הסרטן בסורוקה, שהיה עד אז מינימלי.[2] הוא הקים שם מכון קרינה שהיה מצויד במכשור קרינה חדיש, מרפאה, יחידת טיפול יום, מעבדת מחקר ומחלקת אשפוז. קלט 13 רופאים מעולי ברית המועצות. פרש בסוף שנת 2002 והיה בשבתון באוניברסיטת בן-גוריון עד יוני 2004. בעת פרישתו עבדו בשרות האונקולוגי 16 רופאים. במרפאות/טיפול יום וקרינה עבדו כארבעים איש. לאחר פרישתו שימש כיועץ בנושא פרוטוקולים והתוויות טיפול במערך האונקולוגי בהנהלת פרופ' אברהם קוטן, במרכז לבריאות האדם, רמב"ם חיפה.
במועצה המדעית של ההסתדרות הרפואית בישראל כיהן כיו"ר האיגוד לאונקולוגיה קלינית ורדיותרפיה בשנים 2000–2008,[3] במסגרתו הפריד את המקצוע לשני תתי-מקצועות: אונקולוגיה קלינית וקרינתית ויזם את הכינוס השנתי הארצי של המקצוע ISCORT. היה יו"ר ועדת בחינות באונקולוגיה (6 שנים) יו"ר ועדה מייעצת באונקולוגיה. היה חבר מערכת כתב העת "הרפואה".
באגודה למלחמה בסרטן כיהן כיו"ר ועדת מחשוב ומעקב במשך 10 שנים. היה חבר הוועדה לגילוי מוקדם וחבר בוועדה למסרטנים.
במשרד הבריאות היה יו"ר הוועדה להשתלות מח עצם. כמו כן שימש יועץ למשרד הבריאות משך מספר שנים בנושא רדיותרפיה. חבר של ועדות שונות כמו ועדה לניסויים קליניים, המועצה הלאומית לאונקולוגיה ועוד.
רוב מחקריו הם מחקרים קליניים ועוסקים בהישרדות חולי סרטן. חיבר והיה שותף לחיבורם של כמאתיים מאמרים ומספר קרוב של תמציות בכנסים בינלאומיים.
כתב את הספר "סרטן השד: הסיכוי הוא בגילוי" בהוצאת פרולוג, 1996.[4]
יורם כהן היה נשוי לחנה לבית בורנשטין, אחות (אחות כללית ואחות טיפול נמרץ בסורוקה) במקצועה, במשך 41 שנה עד למותה בשנת 2006. יש לו שלושה ילדים: פרופ' ארנון כהן, מומחה לרפואת עור ולמינהל רפואי,[5] סיגל כהן שיין – יועצת חינוכית, וסיון כהן - אמנית פלסטית. הוא התגורר בתל אביב.
יורם כהן נפטר ביום י"ט בניסן ה'תשפ"ו, 6 באפריל 2026 ונטמן בבית העלמין בעומר.[6]
פרופ' יורם כהן, אונקולוג, קיצור תולדות המכון האונקולוגי בסורוקה מרכז רפואי אוניברסיטאי ושירות הטיפול בסרטן בדרום הארץ, המרכז הרפואי האוניברסיטאי סורוקה, 2018, 96 עמודים.
אורה קווסטלר, "פרופ' יורם כהן", משען, החיים בביתנו, גיליון מס' 32, טבת תשע"ט – ינואר 2019, עמ' 7–8.