נולד בוורשה למשפחה מחסידות אלכסנדר. גדליה היה אחד משמונה ילדים, והיה השביעי במשפחה. גדליה היה האח היחיד במשפחה אשר נשאר חרדי, רבים ממשפחתו הקרובה נרצחה בשואה, וקרוביו אשר עלו לפני מלחמת העולם השנייה גרו בתל אביב וחיו חיים חילוניים לחלוטין. הייתה לו אחות צעירה ממנו בשמונה שנים אשר הייתה חילונית וחיה את חיה בתל אביב, ויחסיהם היו קרובים לבביים ועקביים. בצעירותו למד בישיבת קמניץ אצל הרב ברוך בר ליבוביץ וכן בקלעצק בליטא הפולנית, שבה היה המשגיח הרב יחזקאל לוינשטיין. נישא לחיה ליבא לבית אידלמן מווילנה.
בשלהי שנות ה-70, הודיע לפתע הרב אייזמן להנהלת הישיבה על פרישתו מתפקידו לאלתר. לתלמידיו הקרובים הסביר שהוא חש שלפעמים בהקפדתו על הנהגה שלילית של תלמיד מתגנבת עצבנות הנובעת מזקנתו, ועל כן איננו יכול להמשיך בתפקידו. לנוכח ההפצרות הרבות הסכים להמשיך ולשמש כיועץ חינוכי לתלמידי הישיבה. הקדיש שעות רבות מדי יום לשיחות אישיות עם תלמידים במקומו בשולי בית המדרש.
בי"ד באייר תש"ע, יום הולדתו המאה, הכינו לו רבים מתלמידיו הפתעה. הם השכימו להתפלל עמו שחרית בהיכל הישיבה, ואחרי התפילה ליווהו בשירה וריקודים לביתו, כשהם מאחלים לו מזל טוב ואריכות ימים. הרב אייזמן לא הגיב להמולה סביבו.
נפטר בליל שבת ג' תשרי ה'תשע"ב בבית בנו יוסף שבשכונת בית וגן, שם התגורר בשנותיו האחרונות. נקבר בהר המנוחות בירושלים.
שיחותיו יצאו לאור בסדרת הספרים "גידולי מוסר". הכרך הראשון יצא על ידי תלמידיו בחייו (ירושלים תשס"ח) ולאחר פטירתו, יצאו לאור שני כרכים נוספים שנערכו על ידי חתנו, הרב שלמה ברויאר.
הרב בן ציון בורודיאנסקי • הרב רפאל צבי וולפין • הרב אליעזר יחיאל קונשטט • הרב אברהם מאיר שטיינפלד • הרב יצחק דב שכטר • הרב מיכאל וינקלר • הרב יעקב שטיינהוז • הרב יצחק ירוחם בורודיאנסקי
