בשנת 2005, בעקבות החלטת משרד התחבורה להפסיק את המונופול של קואופרטיבאגד על התחבורה הציבורית בארץ, הקימה אגד בשיתוף קבוצת תעבורה את חברת "אגד פלוס תעבורה", שקיבלה זיכיון להפעיל את התחבורה הציבורית באשקלון. החברה אוחדה ב-2006 עם "אגד אישי", שהייתה חברת בת של אגד, וסיפקה שירותי מוניות והסעות מאורגנות.
כאשר הוקמה חברת "אגד פלוס תעבורה", היא שכרה למשך שנה את כל האוטובוסים של חברת אגד שהיו בשימוש בקווים שקיבלה, עד לסיום קניית צי אוטובוסים משלה. בסיום השימוש בהם הועברו האוטובוסים לשירות בירושלים בעיקר, ומקצתם נמכרו לחברות "מטרודן", ול"אגד תעבורה", שנוסדה בינתיים.
מעלה אדומים – שירות סמי עירוני לירושלים וממנה, ומעט שירות עירוני ולישובים סמוכים. מופעל על ידי החברה החל מ-2013.[דרוש מקור]
יישובי בנימין והשומרון – אשכול בינעירוני מישובי מטה בנימין והשומרון ליעדים מבוקשים, כגון: ירושלים, אריאל ומודיעין כולל מספר קווים פנימים. מופעל על ידי החברה החל מ-2014.[דרוש מקור]
נתניה – אשכול עירוני. הופעלה על ידי החברה מפברואר 2009 עד 7 בינואר 2022. האשכול יצא למכרז על ידי משרד התחבורה בתחילת 2021, בו זכתה חברת "אקסטרה תחבורה ציבורית", שמפעילה כיום את התחבורה הציבורית בנתניה.[דרוש מקור]
אשדוד עירוני – שירות עירוני באשדוד. הופעל על ידי החברה מן שלהי ספטמבר 2007[דרוש מקור] ועד 16 בדצמבר 2016, כשהועברו לחברת "אפיקים", במסגרת המכרז בו זכתה במרץ של אותה שנה.[דרוש מקור]
צפון הנגב – בפברואר 2016 קווי החברה בצפון הנגב עברו לחברת "דן בדרום". ביולי 2016 הקווים העירוניים באשקלון עברו גם הם לחברת "דן בדרום" במסגרת מכרז "צפון הנגב", שכלל את קווי צפון הנגב שיצאו מאגד תעבורה בפברואר 2016.[3][4]
קווי חניון שפירים (הנתיב המהיר) לירושלים – הופעל על ידי החברה מפברואר 2015 עד ינואר 2022,[5] עת הועברו הקווים לחברת תנופה כחלק ממכרז "פרוזדור ירושלים" אשר תנופה זכתה בו כשנה לפני.[דרוש מקור]
גבעת זאב – שירות סמי עירוני לירושלים וממנה. הופעל על ידי החברה החל מ-2013 ועד לשנת 2025[דרוש מקור]
מבשרת ציון – שירות סמי עירוני לירושלים וממנה, ומעט שירות עירוני. מופעל על ידי החברה החל מ-2012 ועד לשנת 2025.[דרוש מקור]